Arheološka razstava priča o najstarejših pomorskih poteh in povezavah med prebivalci severozahodne Istre in prebivalci sosednjih obal Jadranskega morja. Razstavljene so najdbe neolitske keramike iz jam na Tržaškem Krasu in v Istri, ter bronastodobni predmeti, pridobljeni med arheološkimi izkopavanji v Kaštelirju nad Kortami pri Izoli in Piranu.
Stiki s sosednjimi morskimi obalami so bili posebej živahni v starejši železni dobi - halštatu -, o čemer pričajo tudi razstavljeni
predmeti, ki so bili najdeni v Kaštelirju nad Kortami nad Izolo, med njimi tudi apulski krater iz 6. stol. pr. n. št.
Posebej so predstavljene antične in poznoantične najdbe iz pregleda in podvodnega izkopavanja v Fizinah v letih 1963-1964 z delom antičnih predmetov iz izkopavanj v Simonovem zalivu v Izoli leta 1994. Prve podvodne najdbe je muzej dobil že leta 1954, in med njimi je najstarejša grško–italska amfora iz 3.-2. stol. pr. n. š., najdena pri Punti v Piranu. Starejši predmeti na morskem dnu ob Slovenski obali še niso bili odkriti. Na morskem dnu Slovenske Istrske obale poznamo mnogo podvodnih najdišč iz rimskega časa: arhitekturne ostanke v Fizinah v Portorožu, Simonovem zalivu in Viližanu pri Izoli, Jernejevem zalivu pri Ankaranu in ob njih posamične najdbe rimskih amfor, fragmentov keramičnih posod, strešnih opek, keramične uteži ter svinčen in kamnit obroč.
Fotopovečava morskega dna prikazuje njegove različne dele in prizore. Posnetki so bili narejeni v Fornačah, Piranu in Simonovem zalivu v Izoli v različnih časih in okoliščinah. Vidni so detajli ostenja amfore in situ, leseni količki na morskem dnu ter ostanki rimskega valobrana v Simonovem zalivu v Izoli.